Mineração de textos aplicada à análise de dados de expressão gênica por microarranjos.

Este trabalho se insere no projeto "Rede Genômica Animal" e tem por objetivo construir uma ferramenta que utilize técnicas de mineração de textos para apoiar a interpretação biológica de dados de experimentos de expressão gênica. Por isso, os dados de expressão gênica a serem utilizados para validação da ferramenta são aqueles gerados no escopo do projeto "Rede Genômica Animal", referente ao organismo Bos taurus

Análises da expressão gênica por PCR quantitativo em tempo real (QPCR) de genes candidatos para a tolerância à seca em cafeeiro.

A seca é uma das principais limitações climáticas à produção do cafeeiro. A importância dessa limitação deve aumentar, em função das mudanças reconhecidas no clima global e, também, porque a cafeicultura vem sendo expandida para regiões marginais onde a baixa pluviosidade e temperaturas desfavoráveis se constituem grandes limitações à produção do café. A seca induz diversas respostas fisiológicas e moleculares nas plantas, incluindo alterações da expressão gênica, visando atingir ajuste osmótico, a indução de reparadores de sistemas moleculares e a expressão de diversas proteínas protetoras. Existem diversas formas de se avaliar a expressão gênica em plantas submetidas ao estresse hídrico. Uma técnica amplamente utilizada nos últimos anos, para a análise quantitativa da expressão gênica é a de PCR quantitativo em tempo real (qPCR). O objetivo do presente trabalho foi analisar a expressão de 14 genes candidatos para a tolerância à seca em cafeeiro, pré-selecionados em estudos de macroarranjos de cDNA, utilizando clones de Coffea canephora (Clone 22 ? sensível e clones 14, 73 e 120 ? tolerantes ao estresse hídrico)

Ensaio de atividade de B-galactosidase em Gluconacetobacter diazotrophicus para estudos de expressão gênica.

Este Comunicado Técnico mostra a repetitibilidade de ensaios de atividade de ?-galactosidase, que foram padronizados com G. diazotrophicus, ilustrando sua utilidade em estudos de expressão gênica que envolvem fusões com o gene repórter lacZ. Os resultados mostrados neste Comunicado Técnico ilustram que o meio, as condições de cultivo e o ensaio de atividade de ?-galactosidase estabelecidos para G. diazotrophicus são reprodutíveis, e, portanto, válidos, sendo de grande valia para quantificar níveis de expressão gênica nessa importante bactéria constituinte do inoculante para cana-de-açúcar da Embrapa.bitstream/item/42760/1/COT123-09.pd

Seleção de genes constitutivos para estudos de expressão gênica em Iinfonodo de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (B.) microplus.

Um dos principais fatores em estudos de expressão gênica é a nonnalização dos dados por meio do uso de genes constitutivos. Esse é um método simples e amplamente utilizado, pois possibilita o controle de variação na quantidade inicial de material, na qualidade do RNA, na variação intrínseca do equipamento utilizado e nas diferenças na sintese de cDNA, permitindo avaliar se a variação encontrada está relacionada aos tratamentos estabelecidos ou a artefatos. O objetivo deste trabalho foi selecionar um gene constitutivo estável para análise de expressão gênica em linfonodos de bovinos resistentes e sensíveis ao carrapato Rhipicephalus (B.) microplus. Foram escolhidas cinco amostras de animais resistentes e cinco de animais sensíveis. Sei

Exequibilidade do DDRT-PCR para análise da expressão gênica diferencial em células de medula óssea murina

Model of study: Experimental study. Introduction: Recently, stem cell research has generated greatinterest due to its applicability in regenerative medicine. Bone marrow is considered the most importantsource of adult stem cells and the establishment of new methods towards gene expression analysisregarding stem cells has become necessary. Thus Differential Display Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (DDRT-PCR) may be an accessible tool to investigate small differences in the geneexpression of different stem cells in distinct situations.Aim: In the present study, we investigated the exequibility of DDRT-PCR to identify differences in globalgene expression of mice bone marrow cells under two conditions.Methods: First, bone marrow cells were isolated fresh and a part was cultivated during one week withoutmedium replacement. Afterwards, both bone marrow cells (fresh and cultivated) were submitted to geneexpression analyses by DDRT-PCR.Results: Initially, it was possible to observe in one week-cultured bone marrow cells, changes in morphology (oval cells to fibroblastic-like cells) and protein profile, which was seen through differences inband distribution in SDS-Page gels. Finally through gene expression analysis, we detected three bands(1300, 1000 and 225 bp) exclusively expressed in the fresh bone marrow group and two bands (400 and300 bp) expressed specifically in the cultivated bone marrow cell group.Conclusions: In summary, the DDRT-PCR method was proved efficient towards the identification ofsmall differences in gene expression of bone marrow cells in two defined conditions. Thus, we expectthat DDRT-PCR can be fast and efficiently designed to analyze differential gene expression in severalstem cell types under distinct conditions.Modelo do estudo: Estudo Experimental. Introdução: Atualmente a pesquisa com células-tronco temgerado grande interesse devido a sua aplicabilidade no campo na medicina regenerativa. A medulaóssea é considerada a maior fonte de células-tronco adultas e o estabelecimento de novos métodospara a análise da expressão gênica torna-se estritamente necessário. Desse modo, o "DifferentialDisplay Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (DDRT-PCR)", pode ser uma ferramentaacessível para a investigação de pequenas diferenças no nível de expressão gênica em diferentes tiposcelulares, sob distintas condições.Objetivo: Neste presente trabalho nós investigamos a exequibilidade do DDRT-PCR na identificação dediferenças no nível de expressão gênica global em células da medula óssea de camundongos sobduas condições. Métodos: Primeiramente, a medula óssea foi isolada frescamente e uma secundaparte foi cultivada por uma semana sem troca de meio. Posteriormente, as células da medula (fresca ecultivada) foram submetidas a análise da expressão gênica, seguindo a metodologia de DDRT-PCR.Resultados: Inicialmente, foi possível identificar em células da medula óssea com uma semana decultivo, pequenas alterações morfológicas (células ovais para fibroblastóides) e no perfil de proteínas,por meio da visualização de bandas em SDS-Page gel. Finalmente, a análise da expressão gênica porDDRT-PCR, mostrou uma expressão diferencial com a presença de três bandas (1300, 1000 and 225pb) exclusivamente expressas na medula óssea fresca e mais duas bandas (400 and 300 pb) presentes somente nas células de medula cultivadas.Conclusões: Em suma, a metodologia de DDRT-PCR mostrou-se eficiente para a identificação depequenas diferenças no nível de expressão gênica em células da medula óssea sob duas definidascondições. Portanto, nós acreditamos que o DDRT-PCR possa ser designado de forma rápida e eficiente para a análise diferencial de expressão gênica em diferentes tipos de células-tronco, sob diferentescondições

Efeito da erva-mate (Ilex paraguariensis, St. Hill.) na modulação gênica e na atividade da enzima paroxonase: estudos in vitro e in vivo

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-graduação em Nutrição, Florianópolis, 2011A erva-mate (Ilex paraguariensis) espécie vegetal usada no preparo de bebidas como o chimarrão, o tererê e o chá mate tostado, possui propriedades antioxidante, hipocolesterolêmica e vasodilatadora, as quais podem ser benéficas na prevenção das doenças cardiovasculares (DCV). A paroxonase-2 (PON2) é uma enzima antioxidante cuja atividade está inversamente associada ao estresse oxidativo celular e pode ser modulada pela alimentação. Assim, o objetivo do presente estudo foi verificar se a erva-mate - verde ou tostada - possui a propriedade de modular a expressão gênica e a atividade da PON2 in vitro, em cultura de macrófagos, e in vivo, em monócitos e macrófagos obtidos após a ingestão das infusões de erva-mate por mulheres saudáveis. No estudo in vitro, células THP-1 foram incubadas com os extratos de erva-mate verde ou tostada ou com os ácidos clorogênico ou caféico, principal constituinte fenólico da erva-mate e metabólito plasmático. O estudo in vivo foi subdividido em agudo e de curta duração (sete dias). No estudo agudo, 20 voluntárias ingeriram 500 mL de infusão de erva-mate verde, tostada ou de água (controle) e amostras de sangue foram coletadas antes e 2 h após as ingestões. No estudo de curta duração, as mesmas 20 participantes consumiram as infusões de erva-mate ou de água, na dose de 330 mL três vezes ao dia, durante 7 dias, e amostras de sangue foram coletadas antes e no final do período, após jejum de 12-14 h. As diferenças foram avaliadas pelo teste t pareado de Student, teste de Wilcoxon e Mann-Whitney, considerando-se p < 0,05 como significativo. De acordo com os resultados obtidos no estudo in vitro, os extratos de erva-mate verde ou tostada (0,8 e 2,4 µg/mL, ou 1 e 3 ?M equiv. Ácido clorogênico/L) aumentaram a expressão gênica da PON2 nos macrófagos THP-1 (p < 0,05), enquanto concentrações maiores de extrato (3, 5 e 10 ?M) aumentaram a atividade. Resultados semelhantes foram encontrados para o ácido clorogênico (1 e 3 ?M), enquanto o ácido caféico aumentou somente a atividade e não a expressão da PON2. No estudo in vivo, a ingestão aguda das infusões de erva-mate verde ou tostada aumentou a expressão gênica e as atividades arilesterase e lactonase da PON2 nos monócitos do sangue periférico (p < 0,05). O consumo de erva-mate verde ou tostada durante sete dias elevou a expressão gênica da PON2 nos monócitos e nos macrófagos derivados de monócitos (p < 0,05) e aumentou de forma não significativa a atividade da PON2. A ingestão de erva-mate verde e tostada, de forma aguda ou por 7 dias, aumentou a atividade da PON1 no plasma (p < 0,05). Em geral, não houve diferença entre os dois tipos de erva-mate estudados. Com base nos resultados do presente estudo, podemos sugerir que a erva-mate verde ou tostada modulou positivamente a expressão gênica e a atividade da enzima PON2 em monócitos e macrófagos, indicando, assim, possível proteção contra o estresse oxidativo celular

Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo.

A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.bitstream/item/32428/1/doc109.pd

Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.

O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.bitstream/item/32433/1/ct101-10-4.pd

A tecnologia de microarranjos na identificação de genes de interesse na bovinocultura.

Como ferramenta de análise da expressão gênica, a tecnologia dos microarranjos de DNA permite a investigação de milhares de transcritos de um tecido, de maneira simultânea. Essa metodologia tem revolucionado diversas áreas do conhecimento, por meio do aumento substancial da capacidade analítica dos processos moleculares. Hoje, dentro da ciência animal, a disponibilidade desse método de investigação tem permitido aos pesquisadores identificar variações na expressão de determinados genes que possam ocorrer como respostas biológicas devido à condição experimental (idade, raça, estado fisiológico). Sob um aspecto prático, essa tecnologia tem seu papel na identificação de genes envolvidos na determinação de características fenotípicas de interesse econômico, os quais podem ser usados no desenvolvimento de métodos para a seleção de genótipos superiores dentro dos programas de Melhoramento Genético. Esse é um dos motivos de sua adoção em um dos projetos que compõe a carteira dos Macroprogramas da Embrapa, o MP1 Rede Genômica Animal. Assim, esta publicação tem como propósito posicionar o leitor a respeito da contribuição que a tecnologia de microarranjos de expressão tem trazido com respeito à identificação de genes e processos biológicos que atuam na manifestação de características de interesse econômico, em especial na bovinocultura. Além disso, pretende despertar o interesse da comunidade científica para uma área que ainda demanda muita pesquisa e à qual a Embrapa Informática Agropecuária tem dedicado um grande esforço: a análise dos dados gerados dos experimentos com microarranjos da Rede Genômica Animal.bitstream/item/32169/1/doc111.pd